Masalah Banjir

Bangunan ini turut dilanda banjir pada tahun 1971 apabila hujan lebat berlaku di seluruh negara. Jumlah hujan yang lebat itu ditambah pula dengan sistem saliran yang tidak begitu memuaskan di sekitar Kuala Lumpur.

Di belakang bangunan ini pertemuan Sungai Klang dan Sungai Gombak di mana di tengah-tengahnya adalah Masjid Jamek yang juga menggunakan ciri-ciri arkitektur yang sama oleh arkitek yang sama. Stesen komuter Masjid Jamek terletak bersebelahan dengan Masjid Jamek. Laluan air sungai selalu tersekat apabila sampah-sarap tersangkut pada tiang-tiang stesen komuter. Banjir kilat berlaku akibat perancangan stesen komuter yang tidak tepat ini.

Tempat parkir kereta di bawah Dataran Merdeka tenggelam beberapa kali apabila banjir kilat berlaku seperti pada 2003 dan 2007. Semasa banjir kilat pada 10 Jun 2007 antara jam 6.00 hingga 8.00 malam , air sedalam 1.8 meter di beberapa tempat.